Fakturačný systém je komplexný systém navrhnutý pre jednoduchú správu faktúr. Vie nielen ukladať a tlačiť faktúry, ale tiež môže vytvárať šablóny a samotné faktúry rôzneho typu (dobropis, zálohová faktúra, vyúčtovací doklad…). Umožňuje generáciu grafov, kontrolných hlásení či podkladov k dani z príjmu. Pokročilejšie fakturačné systémy dokážu strážiť dátum splatnosti, odosielať upomienkové e-maily, samostatne vytvárať opakované faktúry (napríklad za nájom, službu, atď.).